In 1572 werd Sonoy stadhouder van onder meer Enkhuizen en nog datzelfde jaar benoemde Willem van Oranje hem tot gouverneur van het Noorderkwartier (1572-1588). Een jaar later zetten de geuzen onder leiding van Sonoy de omgeving van Alkmaar onder water waardoor het Spaanse beleg van Alkmaar mislukte. Kort daarna verloren de Spanjaarden ook nog eens de Slag op de Zuiderzee. In diezelfde periode voerde Sonoy een schrikbewind ten opzichte van katholieken waarbij hij verantwoordelijk was voor de dood van onder andere de martelaren van Alkmaar en de martelaren van Ransdorp.
Sonoy verbond zich met de Engelse protector Robert Dudley, graaf van Leicester. Nadat deze in 1587 de Nederlanden gedwongen had verlaten, bleef Sonoy zich verzetten tegen de Staten van Holland. Na het Beleg van Medemblik door het leger van prins Maurits ging Medemblik bij verdrag op 29 april 1588 over aan de Staten en raakte Sonoy zijn macht kwijt.
Vanwege eerdere verdienste en na bemiddeling door koningin Elizabeth I van Engeland kreeg hij een jaarlijks pensioen van 1000 pond van de Staten van Holland.
Uit zijn huwelijk met Maria van Malsen had hij een dochter genaamd Emmerantia. Later hertrouwde Sonoy met jonkvrouwe Johanna de Mepsche en in 1594 trokken ze in bij Emmerantia die sinds 1582 getrouwd was met Luurt of Luiert Manninga, heer van Dijksterhuis.
Drie jaar later stierf Diederik Sonoy op de borg Dijksterhuis nabij Pieterburen. Hij werd begraven in de Petruskerk van Pieterburen. Willem Lodewijk van Nassau-Dillenburg woonde de begrafenis bij. Na Sonoys dood werd het stoffelijk overschot van zijn vrouw naar de kerk overgebracht. In de kerk bevindt zich een rouwbord met het jaartal 1613.
//php edit_post_link( __( '{ Bewerken }', 'woothemes' ), '', '' ); ?>